Համաձայն հայ պատմիչների վկայությունների՝ Ամարասի վանքի եկեղեցին հիմնադրել է Սբ. Գրիգոր Լուսավորիչը 4-րդ դարի սկզբին։ Այս ժամանակվանից ի վեր վանքը դառնում է քրիստոնյա արևմուտքի և հեթանոս, իսկ հետագայում՝ իսլամական արևելքի սահմանագծում  քրիստոնյա աշխարհի համար կարևորագույն սրբավայր: Լուսավորչի թոռ Սբ. Գրիգորիսը, որը Լուսավորչի կողմից  ձեռնադրվում և օծվում է որպես Աղվանքի առաջին եպիսկոպոս, քրիստոնեություն տարածելուն ուղղված իր առաքելության ընթացքում 338-ին նահատակվում է և թաղվում Ամարասում։

Վանքի կարևորության մասին է խոսում այն հանգամանքը, որ 5-րդ դարի սկզբին Սբ. Մեսրոպ Մաշտոցն Ամարասի վանքում բացում է Արցախիառաջին դպրոցը։

Ըստ Մովսես Կաղանկատվացու՝ 489 թվականին Աղվանքի Վաչագան Գ Բարեպաշտ թագավորը Ամարասում վերագտնում է Գրիգորիսի գերեզմանի տեղը և վրան մատուռ կառուցում՝ միաժամանակ ավարտին հասցնելով նաև եկեղեցու կառուցման աշխատանքները։ 5-րդ դարից Ամարասի վանքը դառնում է երկրամասի խոշոր կրոնական կենտրոն և եպիսկոպոսանիստ։

Վանքն իր անընդմեջ գործող դպրոցով շարունակել է մնալ որպեսկրոնական և մշակութային կարևորագույն կենտրոն։ 15-ից 16-րդ դարերում այստեղ գրվել և ընդօրինակվել են բազմաթիվ ձեռագրեր։ 17-րդ դարերի 3-րդ քառորդին Վանքը նորոգվում է Գանձասարի Պետրոս կաթողիկոսի կողմից։

19-րդ դարի 2-րդ քառորդին Ամարասի վանքային համալիրը, որն ուներ 17-րդ դարում կառուցված բավականին ուժեղ պաշտպանական համակարգ, օգտագործվել է որպես ամրոց: Գյուլիստանի պայմանագրից հետո 1832-1847 թվականներին ծառայել է որպես ռուս-պարսկական սահմանի մաքսատուն։ 1848 թվականին վանքը հանձնվել է Գանձասարի թեմական առաջնորդ եպիսկոպոս Բաղդասարին։ Խարխլված եկեղեցին վերականգնվել է 1858 թվականին՝ շուշեցի հայերի օժանդակությամբ, 1898 թվականին շուշեցի ճարտարապետ Միքայել Տեր-Իսրայելյանցի կողմից պատրաստվել է Սբ. Գրիգորիսի նոր տապանաքարը։ 19-րդ դարի վերջին վանքն ուներ կալվածքներ՝ վարելահողեր, այգի, ջրաղաց։ Խորհրդային կարգերի հաստատումից հետո լքվել և ամայացել է։

Վանքը իր նոր շունչն է ստացել և վերաբացվել 1992 թվականին որպես Արցախի թեմի գործող վանք։ Այդ ժամանակվանից ի վեր վանքը, լինելով Սյունիքի վանքային անապատների լավագույն օրինակներից մեկը, ամեն տարի հարյուրավոր ուխտավորներ և այցելուներ է ունենում։